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破天機:2方面了解CRISPR基因編輯技術讓你輕松地“編輯”基因

來源:網絡

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日期:2025-04-26 17:53:57

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  作者詹尼佛·A·杜德娜,博士,加州大學伯克利分校分子與細胞生物學系、化學系教授,霍華德·休斯醫(yī)學研究所研究員,勞倫斯·伯克利國家實驗室分子生物物理學與整合生物成像部研究員。她是RNA與蛋白質生物化學、CRISPR生物學與基因組工程方面的世界級專家,美國科學院、美國藝術與科學院院士。

  塞繆爾·H·斯坦伯格,博士,生物化學家,哥倫比亞大學生物化學與分子生物物理學系助理教授,曾發(fā)表過多篇關于CRISPR技術的高影響力論文?,F居紐約。

  本書分為上下兩篇,上篇介紹了CRISPR基因編輯技術的誕生過程和技術原理,下篇則主要討論了作者對基因編輯技術未來應用的看法。通過圍繞CRISPR基因編輯技術進行論述,作者向讀者展示了生命的天機是如何被科學家們參破的,以及“破天機”對人類未來的重大意義。

  基因編輯的原理和意義到底是怎么回事?CRISPR技術又是如何誕生的?我們知道,人類很多疾病的出現,并不是身體的某個部位受了損傷,而是細胞里的基因出了問題。

  比如,有一種叫WHIM綜合征的罕見遺傳病,它的起因就是人的基因里出現了一處小錯誤。人的基因是細胞核里雙螺旋形狀的DNA,DNA的基本組成單位是4種脫氧核糖核酸分子,這四種分子因為其中一個叫“堿基”的組成部分有所不同,在生物學里分別用英文字母A、G、T、C表示,每兩個脫氧核糖核酸通過堿基配對形成一對,左右相互延伸就成了DNA雙螺旋長鏈。

  人體內的基因,有大約32億個堿基對,而WHIM綜合征,就是因為其中1個堿基對發(fā)生了錯誤變異,導致患者特別容易被“人瘤病毒”(HPV病毒)感染,最終患上癌癥。當然,除了WHIM綜合征,還有其他大量疾病,比如鐮刀型細胞貧血癥、乙型地中海貧血癥等,都是由人體基因的錯誤改變引發(fā)的。

  要想根治這些疾病,很顯然需要從基因層面入手,修復患者體內的錯誤基因,這就是人們對基因編輯的最迫切需求。那我們該怎么修改基因呢?細胞本來就無比微小,基因又只是細胞里的一系列分子,顯然,我們不可能在宏觀層面對基因進行任何操作。微觀問題只能用微觀手段來解決,科學家們?yōu)榇俗隽撕芏鄧L試。

  病毒不能獨立生存,只能寄生在細胞里才能生存和繁衍,具體方式就是病毒先進入宿主的細胞,然后通過巧妙的手段,把自己的DNA注射進入宿主的DNA,借助細胞完成自己的生命活動。病毒在億萬年的時間里,早就摸透了細胞的各種弱點,非常擅長這套把戲。所以,在20世紀70年代,科學家們就開始嘗試通過病毒來改變細胞里的基因,把治療性的基因先引入到病毒的基因,再借助病毒之手,轉移到細胞的基因里。

  這種方法確實成功過,但問題也有很多,比如,病毒可能會引發(fā)嚴重的免疫反應,而且病毒把新的基因片段插到哪兒,也很難控制。插到不同位置,可能會有完全不同的效果,所以這種盲目的基因編輯,在實際應用中有很大的風險和局限。

  所以,科學家們必須尋找新的基因編輯方法。經過不斷摸索,科學家們逐漸找到一個可行的思路,那就是先確定要在基因的哪個位置進行編輯,然后在這個位置上先把基因給切開,再提供需要替換的新基因片段。在這種情況下,細胞就會自動把新舊片段連接在一起,這樣我們就能控制基因編輯的具置了。為了做到這一點,科學家們需要發(fā)明一種基因操作工具,這套工具必須具備三個特點:第一是它要能識別特定的DNA序列,第二是能切開DNA雙鏈,第三是它必須易于重新編輯,以便在不同的任務中識別不同的DNA序列。

  在尋找這套工具的過程中,科學家們首先盯上了一種Ⅰ型內切酶,這種酶的效果很不錯,它能切開DNA雙鏈,而且,只有在準確識別18個連續(xù)的DNA堿基之后,才會開始剪切。這有點類似于特工執(zhí)行任務前,需要先核對暗號。這個暗號的長度非常重要,它不能太簡單,比如,如果內切酶識別的堿基數量只有6個,那么,人體基因里的32億個堿基對,可能就存在著幾十萬個對應的剪切點,那就必然出錯。而Ⅰ型內切酶讓定位的精準度大大提高,所以,它確實有潛力成為一種優(yōu)秀的基因編輯工具。

  但是科學家們發(fā)現,Ⅰ型內切酶雖然能識別特定的DNA序列,也能切開DNA雙鏈,但它無法重新編輯,也就是不滿足基因操作工具的第三個必備特點。那怎么辦呢?

  于是,作者的CRISPR技術登場了。因為一次工作中的機緣巧合,作者從其他學者那里了解到CRISPR,這是一組英文單詞的縮寫,直譯過來是“規(guī)律間隔成簇短回文重復序列”。簡單來說,CRISPR是科學家們在細菌的基因里發(fā)現的一段DNA序列,這個序列很長,由很多重復片段和間隔片段組成。在這段序列里,也有很多完全一樣的重復片段,這些重復片段中間,夾著長度相似但序列不同的間隔片段。經過研究發(fā)現,那些不同的間隔片段,竟然和很多病毒的DNA片段完全吻合。而且,那些擁有CRISPR序列的細菌,和病毒匹配的片段越多,它們被病毒感染的概率就越小。這就暗示,CRISPR序列很可能和細菌抵抗病毒的入侵有關。后來科學家們果然證明,在病毒入侵細菌之后,細菌體內的CRISPR序列就會開始運轉,制造出一條條和病毒DNA配對的RNA(也就是核糖核酸)短鏈。這些RNA短鏈,能靶向鎖定病毒的DNA分子,并在切割酶的配合下,把它們切成碎片,這樣就完成了自我防御。

  CRISPR序列的作用原理,簡單概括就是,病毒要想入侵細菌,就要把自己的DNA分子注射到細菌體內,然后自我復制,而細菌為了對抗這一過程,就在自己的DNA分子里,記下病毒DNA分子的樣子,然后按圖索驥,在遭到入侵時鎖定入侵者的DNA,然后把這些DNA破壞掉。而且更強大的是,CRISPR序列還擁有記憶學習功能,當新型病毒入侵細菌之后,細菌會記錄下新的入侵者的DNA序列,添加到CRISPR序列里,這樣下次面對這類病毒,也就有了對抗能力。

  同時,科學家還發(fā)現,只要細菌基因里有CRISPR序列,附近就一定會有另一個基因,這個基因被稱作cas基因。實驗證明,cas基因編碼出的一系列蛋白質,和CRISPR序列的功能有密切關系,其中比較重要的是cas9蛋白質。這個蛋白質實際上是一種酶,它的主要功能是切開DNA雙鏈。

  作者的團隊發(fā)現,cas9蛋白質要想發(fā)揮功能,需要和兩種RNA分子密切配合,分別是CRISPR序列轉錄出的向導RNA分子,和另外一種協(xié)助RNA分子。具體工作原理,首先,CRISPR轉錄出的向導RNA分子會根據自己的特定序列,靶向鎖定DNA上的特定位置,然后在協(xié)助RNA分子的作用下,cas9蛋白質會和向導RNA分子結合,把這個特定位置的DNA雙鏈切斷。

  在這個過程中,向導RNA有點像導航系統(tǒng),精確制導到要進行基因編輯的DNA位置,而cas9蛋白質則是火力系統(tǒng),負責對DNA進行精確打擊,協(xié)助RNA分子則負責把這兩個系統(tǒng)連接在一起。而且,相比于Ⅰ型內切酶,這個系統(tǒng)的優(yōu)勢非常明顯,那就是科學家們可以很輕松地編輯向導RNA分子的序列,這樣一來,這套系統(tǒng)就能指哪兒打哪兒,讓科學家們隨心所欲地在需要的位置把基因切開。

  在發(fā)現這個機制之后,為了更方便地應用,作者的團隊又開動腦筋,巧妙地把向導RNA分子和協(xié)助RNA分子連接起來,形成了一種新的向導RNA分子,由它負責定位,cas9蛋白質負責切割,簡單高效。作者把這種基因編輯工具命名為CRISPR-Cas9基因編輯技術,簡稱CRISPR技術。

  2012年這項技術誕生之后,迅速在基因編輯領域引起巨大轟動,因為它功能強大,價格低廉,使用方便,讓基因編輯的可行性大大提升。在此之前,基因編輯工具設計復雜,成功率很低,而且價格昂貴,所以很難推廣使用。但CRISPR技術可以很輕松地設計出便利的基因編輯工具,整個過程只需要幾天時間,而且不需要額外培訓。過去需要多年實驗室訓練才能完成的工作,如今只要一個高中生就能勝任了。有專家推測,現在建立一個CRISPR基因編輯實驗室,只需要花不到2000美元。這一次,基因編輯的大門,真正地向人類敞開了。

  科學是一把雙刃劍,既有創(chuàng)造力,也有破壞力。所以,為了更好地造福人類,我們該如何看待和應用基因編輯技術呢?基因編輯技術讓人類有能力按照自己的意志,改寫任何生物的基因。比如植物、動物和人類的。

  我們知道,人們制造轉基因作物的初衷是好的,比如抗擊病蟲害,提高農作物產量,更好地滿足人類的農產品需求。

  比如,科學家們陸續(xù)制造出了免疫白粉病的小麥、反式脂肪酸含量更低的大豆,還有能抵抗棉鈴蟲的棉花,等等。這些轉基因作物性能優(yōu)異,一經推出就很快占領市場。截至2015年,美國92%的玉米和94%的大豆,都是轉基因作物。雖然優(yōu)勢明顯,每年都有數以億計的人吃下轉基因作物,而且沒出現過什么問題,但轉基因作物的安全性仍然飽受質疑,比如有調查顯示,60%的美國人認為轉基因作物不安全。而且,相比于轉基因植物,公眾對轉基因動物的接受程度更低。

  比如,在美國獲準上市的第一種轉基因動物,是一種轉基因三文魚,這種三文魚在被基因編輯之后,分泌的生長激素更多,生長周期只有原來的一半,而且營養(yǎng)成分也完全相同,但即便如此,轉基因三文魚還是受到嚴厲,有人把它稱為“怪獸魚”。根據《》的調查,有75%的受訪人員表示拒絕食用這種轉基因魚。雖然現在科學家們已經制造出了瘦肉含量更高的轉基因豬,羊毛長度更長的轉基因山羊,但可以想象,這些轉基因動物的社會接受度都不會很高。

  那么,作為基因領域的頂尖科學家,作者是如何看待轉基因植物和動物的呢?她認為,實際上,幾乎我們吃的每種食物,它們的基因型都被人為改造過,比如,選育種子和配種時用的隨機誘變技術和雜交技術,本質上都是在按照人類需求改變動植物的基因型。從這個意義上說,以CRISPR為代表的轉基因技術,和以往的傳統(tǒng)育種手段,在本質上沒有什么區(qū)別。

  所以,作者對轉基因植物和動物的未來應用,抱有樂觀的態(tài)度。她認為,未來人類肯定還需要解決很多問題,來確保基因編輯技術應用在動植物身上的絕對安全,但人們肯定有智慧去解決這些問題。很顯然,今天我們對轉基因動植物安全性的爭論不會輕易停止,但未來,它們造福人類的歷史趨勢是很明顯的。

  比如,在美國,現在有大約12.4萬人在等待,但每年只有2.8萬人能獲得移植器官,大量病人在等待器官的過程中死去,缺乏器官供體是一個很現實的問題??茖W家們設想,通過基因編輯技術,人類或許可以改造豬的基因,讓豬生長出可以供人類使用的器官。而且,這項技術目前已經有了初步成果,科學家們把經過基因改造的豬作為移植器官的供體,一顆移植腎臟在狒狒體內維持了6個月,一顆移植心臟在另一只狒狒體內維持了2年半。目前,這個領域已經吸引了大量投資。所以,如果基因編輯技術真的能拯救人類的生命,提供寶貴的移植器官,那我們真的很難拒絕它。

  那么我們該如何看待基因編輯技術在人體上的應用呢?基因編輯應用于人體,最直接的方式是治病。

  比如,最有希望通過CRISPR療法根治的一種遺傳病是乙型地中海貧血癥,這種疾病雖然能通過骨髓移植根治,但患者一般很難找到配型吻合而且愿意捐獻骨髓的供體,而基因編輯就能解決這個問題。醫(yī)生只要從患者體內分離出干細胞,利用CRISPR技術修復干細胞中的乙型球蛋白基因,然后把編輯過基因的細胞輸回患者體內,患者就能分化出正常的血紅細胞,而且,因為供體和受體都是自己,患者在整個過程都不會出現免疫排斥問題,這就為很多人帶來了生命的希望。

  除了遺傳病,基因編輯技術還可能幫助我們攻克癌癥。為了消滅體內的癌細胞,我們可以通過基因編輯,制造出一種特殊的T細胞,這種新型T細胞里引入了一種新的基因,它可以幫助T細胞識別、靶向鎖定最終消滅癌細胞,從而治療人的癌癥。這項技術目前還在探索之中,不過,2015年就有科研機構在一名女嬰身上使用過這項技術,通過向女嬰體內輸入經過基因編輯的T細胞,成功讓女嬰的白血病得到好轉。

  可以說,基因編輯在醫(yī)學領域有著巨大的使用潛力,但我們也要清醒地認識到,這項技術離成熟應用還有很長的距離。比如,基因編輯的準確性并不能達到100%,一旦失敗,潛在的風險很大。

  在CRISPR技術中,向導RNA能識別20個堿基長度的特定DNA片段,但科學家們發(fā)現,這種識別不是絕對準確的,如果一個相似的片段只有一兩個堿基不同,CRISPR很可能就會錯誤識別,進行錯誤的切割,這種現象被稱為脫靶效應。一般來說,脫靶效應是一個很普遍的醫(yī)學現象,比如看看各種藥品的說明書,基本上都會標注副作用。但基因編輯的脫靶效應格外危險,畢竟普通藥物的副作用在停藥后就會結束,但基因編輯一旦脫靶,對基因造成的改變就永遠無法挽回了。

  除了脫靶效應,人類對各個基因的作用和影響,了解得也很有限。很多疾病的成因非常復雜,可能是遺傳變異和環(huán)境因素的綜合產物,單純編輯基因不一定有效果。更何況基因編輯還存在次級效應,可能帶來很多意想不到的復雜后果。

  比如,修改人體的CCR5基因,理論上會增強人對艾滋病的抵抗力,但同時也會增加人患上西尼羅河病的風險;雖然有的基因會增加人患上阿爾茨海默病的風險,但研究顯示,這些基因也會提高人在年輕時的認知能力。面對基因編輯的復雜后果,該如何進行取舍?如何判斷風險?仍然需要社會各界進行深入思考。

  如果說基因編輯應用在醫(yī)療方面,還能被大多數人接受的話,那么,將它應用在人類胚胎上,試圖去修改人類后代的基因型,則還處在倫理的禁區(qū)。實際上,科學家們已經編輯了大量其他生物的胚胎基因,所以基因編輯人體胚胎,在技術上其實已經不存在問題了。正如我們都知道的,南方科技大學原副教授賀建奎,就是因為違規(guī)對人體胚胎進行了基因編輯,誕下了兩名女嬰,引發(fā)了社會各界的嚴厲批評和反對,他本人也因此獲刑入獄。

  目前,社會各界都一致同意禁止基因編輯人類胚胎細胞,主要是因為還有大量倫理問題沒有被解決。首先,如果我們真的對人類胚胎細胞進行基因編輯,那么,人們肯定就不滿足于僅僅把有害的基因改變成正常基因,而會進一步想把它變成更優(yōu)秀的基因。所以,不管一開始人與人之間的基因差距有多小,能負擔得起基因改造的富裕階層,肯定會讓自己的后代擁有更優(yōu)秀的基因,這不可避免地會帶來階層固化和基因固化,未來的有錢人會活得更長,體能更好,大腦更聰明。如果這種改變持續(xù)的時間足夠長,那富人和窮人還是同一種生物嗎?這會帶來嚴重的、不可逾越的社會不公。

  作者說,在未來,基因編輯人類胚胎細胞是肯定會發(fā)生的,問題只在于何時發(fā)生,還有如何發(fā)生。一方面,基因編輯的成功率會隨著技術的改進不斷提升,遲早會達到100%的準確率,這就能避免技術上的風險;另一方面,我們每個人在生命之初,其實都會攜帶從父母生殖細胞中繼承的50-100個基因突變,而且在人體內,平均每秒鐘都會出現上百萬個突變,所以人體基因的改變其實是一種常見的自然現象,基因編輯只是讓這種改變有了方向性。所以她認為,未來的父母有權利使用CRISPR技術來生出更健康的孩子,只要這個過程是安全的,而且不偏袒少數群體。

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